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裘生抬起头,打了个响指:
“搞定,扩出来了,BLasT的密匙你有吧?”
徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮,随后走到操作台边,噼里啪啦的输了一大串密匙。
做过新种检测的同学应该都知道。
16s相似度检测的界限其实有些模糊,因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。
比如有的是97%,有的是99%。
只是在通常情况下。
相似度过97%的,就可以认为是一个物种。
相似度低于97%的,就可以认为是不同物种,进行下一阶段检测。
不过就是这样一种不太精细的检测手段,却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎:
大部分样本在经过检测之后,都会现相似度在99。99%以上,与其他某某微生物是同一物种。
总而言之。
这项技术在定属方面还是靠谱的。
又过了一会儿。
裘生一脸惊喜的抬起头,声音骤然拔高了几分:
“老徐,相似度46。9%,46。9%!!”
“毫无疑问,这是一类新物!”
徐云认真的看了他一眼,确认道:
“只有一种新物吗?”
“没错,只有一种!”
徐云若有所思的点点头,又道:
“那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”
众所周知。
新物鉴定一般都有九个流程:
1、16s相似度。
2、形态学观察。
比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等,还包括最适生长条件的确定。
3、磷脂脂肪酸鉴定,这个具有属特异性。
4、呼吸醌,也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种,这个有种特异性。
5、分子杂交,也就是测定基因组序列,草图就行,然后跟近源物种去比较。
相似度过7o%是一个种,低于7o%是不同物种。
6、碳源利用情况,看一下能利用哪些碳源,一共有95种碳源的测试。
7、apI试剂盒鉴定,生理生化鉴定的一方面。
8、gc含量。
9、革兰氏染色。
大概经过这些方面的检查,就可以确定是不是新种了。(注:不知道这样写的比较详细大家愿不愿意看?这种详细流程应该没有其他书写过,找人问其实很麻烦的,要是还被嫌水下次我就不写了)
其中第五个流程,也就是分子杂交这次可以直接忽略——毕竟第一部测出来的46。9%实在是差距太明显了。
考虑到时间问题,徐云将几个步骤逐一分工,由几位工具人。咳咳,课题组成员同步进行。
五个小时后。
一道最终报告出炉了。
“节丛孢属的一类全新微生物,1ooo倍油镜下可观察到形态,体外具备大量假丝。”
“这种假丝可以分离,与目标结合完成某种化合反应,这是秃头攻击?”
“一片青苔中可以高密度富集8ooo单位的极少量新物,特性上与嗜酸乳杆菌有一定类似。嗯?”
随后看着其中的一栏报告,徐云有些疑惑的抬起头,对裘生问道:
“老裘,新物对食物残渣的净化效果最为明显?”
裘生点了点头,指着不远处的一个培养皿道:
“经过我们的初步检测,这种新型微生物可以有效遏制残渣中氨气、有机酸和硫化物的生成。”
“并且对奈瑟氏菌和厌氧链球菌之类的细菌,有着极强的杀伤力。”
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